Diagnostic génétique post-natal -INTRODUCTION

Un examen de génétique constitutionnelle postnatale consiste à analyser les caractéristiques génétiques héritées ou acquises à un stade précoce du développement prénatal.

Cette analyse a pour objet (Article R. 1131-1 du code de la santé publique) :

• Soit de poser, de confirmer ou d’infirmer le diagnostic d’une maladie à caractère génétique chez une personne ;
• Soit de rechercher les caractéristiques d’un ou plusieurs gènes susceptibles d’être à l’origine du développement d’une maladie chez une personne ou les membres de sa famille potentiellement concernés ;
• Soit d’adapter la prise en charge médicale d’une personne selon ses caractéristiques génétiques.

Les examens de génétique tumorale somatique et les examens réalisés dans le cadre du don (notamment analyses HLA dans le cadre de la greffe) sont en dehors du champ de la loi de bioéthique et donc de ce rapport annuel d’activité.

Différentes techniques permettent d’analyser ces caractéristiques génétiques. Si l’anomalie génétique est visible au niveau du chromosome, les techniques utilisées seront le plus souvent des techniques de cytogénétique (caryotype) y compris de cytogénétique moléculaire (hybridation in situ fluorescente: FISH). Si l’anomalie se situe au niveau de la molécule d’ADN, du gène, une technique de génétique moléculaire sera plutôt employée. Cette frontière autrefois franche entre cytogénétique et génétique moléculaire tend à disparaitre avec l’avènement de techniques qui permettent d’appréhender des remaniements chromosomiques au niveau moléculaire : analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA), techniques de séquençage à haut débit aussi appelées séquençage de nouvelle génération (NGS pour Next Generation Sequencing), ou encore séquençage massif en parallèle car permettant de tester plusieurs gènes avec une seule technique (panels de gènes).

Ce rapport d’activité de génétique postnatale constitue un outil important pour connaitre les pratiques et les besoins, notamment dans le cadre de suivi des PRS (projet régional de santé) et du troisième plan maladies rares (PNMR). Ce rapport, unique en Europe, est en constante évolution pour s’adapter à l’évolution des pratiques.

Les données de génétique postnatale correspondent à l’activité 2020 des laboratoires. Elles ont été recueillies de manière spécifique en coopération avec les équipes Inserm Orphanet.

Une première campagne dite qualitative au mois d’octobre a permis de recueillir le descriptif des panels de gènes (la technique de NGS permet dans une indication clinique donnée d’analyser en un seul examen une série de gènes impliqués) : indication clinique du panel, maladies et gènes testés.

Quatre laboratoires n’ont pas transmis leur rapport d’activité avant la fin de la campagne de recueil. Au final, 222 laboratoires ont rendu leur rapport annuel d’activité et parmi eux, quatre laboratoires n’ont pas eu d’activité au cours de l’année 2019, trois laboratoires ont fusionné avec un autre laboratoire, un laboratoire a cessé son activité. Au final, 214 laboratoires ont transmis des données d’activité exploitables dans le cadre de ce rapport.

Parmi les 214 laboratoires ayant rempli un rapport d’activité auprès de l’Agence de la biomédecine, 60 ont au moins une activité de cytogénétique, y compris de cytogénétique moléculaire, et 180 au moins une activité de génétique moléculaire. Vingt-six laboratoires réalisent des examens dans les deux activités. Un peu plus d’un tiers des laboratoires autorisés pour la génétique moléculaire le sont uniquement pour une activité limitée (34%). Dans cette dernière situation, l’activité peut être limitée à un ou plusieurs examens de réalisation et d’interprétation généralement plus simples et qui nécessitent une expertise spécifique (exemple en hématologie, pharmacologie) (

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Tableau POSTNATAL1. Laboratoires ayant déclaré une activité de génétique postnatale entre 2016 et 2020

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).

Les deux cartes de la 

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Figure POSTNATAL1 Cytogen

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 montrent la répartition géographique des laboratoires sur le territoire français. La répartition des laboratoires sur le territoire donne une indication sur l’organisation et l’offre de soins nationale mais ne permet pas d'appréhender l'offre de soins de proximité. En effet, souvent, les laboratoires travaillent en réseau. Les prélèvements étant susceptibles d’être expédiés, certains laboratoires proposent un diagnostic d’expertise pour l'ensemble de la France. Dans le contexte de l’utilisation à titre diagnostique de l’outil NGS, les laboratoires ayant une activité non limitée s’inscrivent dans les recommandations professionnelles spécifiant l’importance d’utiliser le réseau des laboratoires d’expertise de la pathologie/gène donné pour l’analyse et l’interprétation des résultats. Seule une cartographie des consultations de génétique pourrait montrer l'accès aux soins au niveau régional. Les évolutions du rapport d’activité permettront à l’avenir de connaitre l’origine géographique des prescripteurs et ainsi de mieux appréhender l’accès aux consultations de génétique.

En 2020, 491 403 personnes ont bénéficié d’un examen génétique constitutionnelle (

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Tableau POSTNATAL2. Résumé de l'activité de génétique postnatale entre 2016 et 2020

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).

En 2019, ce chiffre était de 531 520 ce qui représente une diminution de 8,2 %. La diminution d’activité est principalement liée à une chute de près de 14% pour les caryotypes et l’ACPA. Cette diminution d’activité doit tenir compte de l’impact de la crise sanitaire sur l’accès contraint aux consultations de génétique, à l’origine d’une moindre prescription durant cette période. La génétique postnatale n’a pas fait l’objet de continuité des soins contrairement à l’activité de génétique prénatale dont le caractère urgent, reflétant la contrainte liée à l’évolution de la grossesse, a été pris en compte pour l’organisation des laboratoires.

L’impact de la crise sanitaire sur la génétique moléculaire n’est pas visible, car la période sans nouveaux prélèvements a permis aux laboratoires d’interpréter et de communiquer des résultats aux prescripteurs pour des dossiers qui accusaient des retards en raison d’interprétations complexes et longues. Chaque activité est détaillée dans le chapitre qui lui est dédié.