Diagnostic prénatal -ACTIVITÉ DES LABORATOIRES DE CYTOGÉNÉTIQUE

Le recueil du rapport d’activité des laboratoires de cytogénétique a évolué à partir de 2019. A compter de cette date, les laboratoires transmettent à l’Agence de la biomédecine des informations détaillées au niveau du fœtus et non plus des données agrégées par indication, prélèvement et résultat. Cette évolution a été mise en œuvre dans un souci de simplification du processus de production des informations au niveau des laboratoires.

Ce changement a eu plusieurs conséquences :

  • Le recueil n’est plus réalisé au niveau du prélèvement mais du fœtus, pour lequel plusieurs prélèvements peuvent avoir été réalisés ;
  • En 2019, deux laboratoires ont été dans l’impossibilité de transmettre leur rapport d’activité suite au changement de format ;
  • En cas d’indications multiples, les règles de priorité ont été revues pour tenir compte au mieux de la nouvelle réglementation en vigueur pour le dépistage et le diagnostic prénatals de la trisomie 21. 
    Deux points d’attention : 
    • Les règles de priorité données dans le rapport d’activité étaient différentes avant 2019 ;
    • Les indications rapportées dans les résultats correspondent à ce que le laboratoire a renseigné, même en cas de suspicion d’incohérence avec ces règles de priorité.

En 2020, 15 249 fœtus ont eu un examen du caryotype à partir d’un prélèvement invasif. Le nombre de prélèvements pour caryotypes fœtaux (

Figure DPN3

) continue de décroitre, avec une diminution de 64,3% entre 2013 et 2020. Cette diminution est toutefois moins marquée au cours des 2 dernières années, de 16,3% entre 2018 et 2020. Elle semble assez bien corrélée à la montée en charge de l’utilisation du dépistage par ADNlcT21 (

Tableau DPN11

). 

Une partie de la diminution du nombre de caryotypes pourrait également être mise sur le compte d’une évolution des pratiques des laboratoires qui ne réalisent plus de caryotype systématique devant un signe d’appel échographique, mais uniquement l’analyse chromosomique sur puce à ADN qui est pratiquée sur un prélèvement invasif (ACPA ; 

Figure DPN4

). En effet, 26% des fœtus ont bénéficié d’un examen par ACPA non assorti d’un caryotype en 2020, contre 20% en 2019. 

L’amniocentèse reste en 2020 la modalité de prélèvement la plus fréquente (

Tableau DPN9

). Elle est réalisée pour 68% des analyses chromosomiques, alors que la biopsie de villosités choriales est réalisée dans 30% des cas, le prélèvement de sang fœtal représentant 0,8% des prélèvements.

 

Figure DPN3. Evolution du nombre de fœtus ayant bénéficié d'un examen de caryotypes de 2013 à 2020(1)(2)
Figure DPN4. Evolution du nombre de fœtus ayant bénéficié d'un examen de cytogénétqiue en foncton du type d'examen de 2019 à 2020
Tableau DPN9. Evolution des différents modes de prélèvements pour la réalisation des examens de cytogénétique de 2019 à 2020(1)

Les résultats présentés dans ce chapitre regroupent les informations transmises pour les fœtus pour lesquels un examen de caryotype a été réalisé, accompagné ou non d’une ACPA. Les ACPA réalisées seules sont exclues et font l’objet d’un chapitre particulier.

Depuis 2016, nous observons une augmentation du nombre de diagnostics prénatals de trisomie 21 (1 910 en 2016, 2 045 en 2020), ceci dans un contexte de diminution du nombre de naissances et d’augmentation de l’âge des mères (données Insee) et une diminution du nombre de prélèvements invasifs (amniocentèse et biopsies de villosités choriales) (

Tableau DPN1

, 

Tableau DPN10

). Rappelons qu’en 2020, près de 90% des femmes enceintes ont bénéficié d’un dépistage par MSM (voir chapitre « Activité des laboratoires réalisant le dosage des marqueurs sériques maternels »).

Parallèlement, les indications du caryotype fœtal se sont modifiées en fonction de l’évolution du dépistage de la trisomie 21 (

Tableau DPN11

). A partir de 2016, le pourcentage de trisomies 21 diagnostiquées après le test ADNlcT21 augmente de façon importante, passant de 17,2% en 2016 à 37% en 2020 (

Tableau DPN15

). 

En 2020, 42,9% des diagnostics de trisomie 21 ont été posés suite à une biopsie de villosités choriales (

Figure DPN5

), c’est-à-dire très précoce ; cette proportion traduit principalement la part des trisomies 21 dépistées par des anomalies échographiques. On observe une diminution progressive au fil des années de cette proportion (47,5% en 2014 ; 43,8% en 2016 ; données non présentées). Ce chiffre restera intéressant à surveiller dans les années à venir, en sachant que les recommandations préconisent une amniocentèse plutôt qu’une biopsie de villosités choriales lorsque le dépistage par le test ADNlc est positif.

Les trisomies 13 et 18 restent en très grande majorité diagnostiquées sur signes d’appel échographiques (

Tableau DPN15

), leur nombre absolu (autour de 900 par an) est assez stable. Environ 55% des diagnostics sont faits sur villosités choriales donc au 1er trimestre de la grossesse (

Figure DPN5

).

Le syndrome de Turner et les syndromes associés sont de moins en moins diagnostiqués en prénatal au fil des années (280 en 2018 ; 247 en 2020 ; 

Tableau DPN10

). Plus de 90% d’entre eux sont repérés sur signes d’appel échographiques dont plus de la moitié avec une clarté nucale supérieure à 3,5 mm (

Tableau DPN15

). Probablement, les formes graves sont-elles toujours diagnostiquées aujourd’hui, au contraire des formes sans signe échographique qui étaient diagnostiquées fortuitement dans les années où le nombre de prélèvements invasifs était plus élevé.

De même, la diminution du nombre de diagnostics de dysgonosomies (syndrome de Klinefelter et associés, trisomie X, 47,XYY et associés) est le reflet de la diminution du nombre de prélèvements invasifs qui repéraient de façon fortuite ce type d’aneuploïdies des chromosomes sexuels, le plus souvent de bon pronostic. La même remarque vaut pour les anomalies chromosomiques a priori équilibrées (418 en 2016 et 328 en 2020 ; 

Tableau DPN10

).

Le diagnostic des « autres anomalies déséquilibrées » est important à considérer car il s’agit le plus souvent d’anomalies dont le pronostic est sévère. Nous notons que leur nombre absolu s’est longtemps situé entre 600 et 660 (incluant les triploïdies) malgré la diminution du nombre de naissances et la diminution importante du nombre de prélèvements invasifs, ce qui prouve que leur dépistage est resté efficient et permet de penser que le niveau de qualité de l’examen échographique est très bon en France. La diminution observée depuis 2016, poursuivie en 2020 (n=543) est à pondérer avec l’utilisation plus fréquente de l’analyse chromosomique sur puce à ADN en prénatal. Il est possible que, dans un certain nombre de cas, le caryotype n’ait pas été comptabilisé parmi les anomalies mais l’anomalie chromosomique déséquilibrée diagnostiquée néanmoins. Une adaptation des rapports d’activité est prévue dans ce contexte pour les années à venir.

Ainsi, malgré la diminution importante du nombre de caryotypes fœtaux, le diagnostic prénatal de l’ensemble des anomalies chromosomiques graves reste stable. Le nombre de diagnostics des anomalies de bon pronostic découvertes fortuitement diminue. La stratégie de dépistage des anomalies chromosomiques s’améliore au bénéfice des femmes enceintes qui ont de moins en moins à subir un prélèvement invasif en lien avec une augmentation du recours à l’ADNlcT21.

Le

Tableau DPN13

 évalue la fréquence des anomalies déséquilibrées diagnostiquées rapportées au nombre de caryotypes réalisés par indication, à partir de la répartition des caryotypes selon l’indication (

Tableau DPN11

) et de la répartition des diagnostics par caryotypes (

Tableau DPN12

). Il apparaît ainsi clairement que les indications du diagnostic prénatal chromosomique, avec la stratégie actuelle de dépistage, permettent, en réduisant le nombre de prélèvements invasifs, d’améliorer le rendement diagnostique avec en 2020, 24,9% des caryotypes réalisés qui présentent une anomalie déséquilibrée (comparé à 16% en 2016).

Il est intéressant de noter qu’en 2020, 81,5%, soit 842 des 1 033 caryotypes réalisés pour un « dépistage positif d’aneuploïdie sur ADNlc », ont montré la présence d’une anomalie chromosomique fœtale déséquilibrée. En comparaison, 48,3% des caryotypes réalisés dans le cas d’une clarté nucale >3,5mm avant 13SA, 19,4% des signes d’appel échographiques (hors CN>3,5MM) et 17,6% des marqueurs sériques seuls avec risque >1/50 aboutissent à l’identification d’une anomalie chromosomique déséquilibrée.

Concernant le diagnostic de la trisomie 21, 73,2% des caryotypes réalisés pour un « dépistage positif d’aneuploïdie sur ADNlc » ont identifié la présence d’une trisomie 21 fœtale (

Tableau DPN14

).

Les résultats du caryotype en fonction du dépistage d’aneuploïdies sur ADNlc indiquent qu’en 2020, 742 des 880 ADNlcT21 positifs ont été confirmés par l’analyse du caryotype fœtal, soit 84,3% (

Tableau DPN16

). Dans 14,4% des cas, le résultat du caryotype fœtal ne confirme pas le diagnostic, soulignant l’importance de la réalisation d’un diagnostic prénatal invasif de confirmation du dépistage utilisant l’ADNlc. Les données présentées dans le

Tableau DPN16

 montrent également l’existence de faux négatifs et en 2020, 6 examens de l’ADNlc sont rapportés négatifs, alors que le résultat du caryotype fœtal établit le diagnostic de trisomie 21. Ces données feront l’objet d’un suivi.

 

Tableau DPN10. Anomalies chromosomiques diagnostiquées par caryotype fœtal de 2016 à 2020(1)(2)
Figure DPN5. Fréquence des modes de prélèvements selon les anomalies diagnostiquées en 2020
Tableau DPN11. Evolution de la répartition des caryotypes selon l'indication du prélèvement de 2016 à 2020(1)(2)
"Tableau DPN12. Evolution de la répartition des diagnostics par caryotype d'anomalies déséquilibrées selon l'indication du prélèvement de 2016 à 2020(1)(2)"
Tableau DPN13. Evolution de la fréquence des anomalies déséquilibrées diagnostiquées rapportée au nombre de caryotypes réalisé par indication de 2016 à 2020(1)(2)
Tableau DPN14. Evolution de la fréquence des trisomies 21 diagnostiquées rapportées au nombre de caryotype selon l'indication de 2016 à 2020(1)(2)
Tableau DPN15. Evolution de la répartition des principales indications selon le type d'anomalies fœtales diagnostiquées par caryotype de 2016 à 2020(1)(2)
Figure DPN6. Evolution du nombre de trisomies 21 diagnostiquées selon l'indication du prélèvement de 2010 à 2020
Tableau DPN16. Evolution du résultat du caryotype en fonction du résultat du dépistage d'aneuploïdies sur ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel de 2016 à 2020(1)(2)

Nous observons (

Figure DPN4

) une augmentation continue de l’utilisation de l’ACPA avec 11 689 examens en 2020 contre 9 364 en 2018 (+24,8%). Depuis 2019, une ACPA est réalisée, seule ou associée à un caryotype, dans plus de la moitié des examens prescrits en cytogénétique prénatale.

Cette utilisation s’inscrit essentiellement, à ce jour, dans le cadre d’un signe d’appel échographique. Il est à noter que contrairement au caryotype, cet examen, en cours d’évaluation par la Haute Autorité de Santé (HAS), n’est pas à la nomenclature des actes de biologie médicale pour cette indication alors que son utilisation en situation prénatale s’est largement renforcée depuis plusieurs années. L’intérêt de cet examen est d’identifier des anomalies chromosomiques de petite taille non décelables par le caryotype. 

Les résultats de 11 661 ACPA réalisés en 2020 sont présentés dans le 

Tableau DPN17

. Le taux d’anomalies pathogènes diagnostiquées en 2020 est de 6,9% (n=802) toutes indications confondues. De plus, 1,3% des examens effectués aboutissent à l’identification d’un variant de signification inconnue (VSI).

Dans le cas de signes d’appel échographiques hors clarté nucale >3,5mm, une anomalie pathogène est identifiée dans 6,6% et un VSI chez 1,3% des fœtus étudiés. L’observation d’une clarté nucale >3,5mm avant 13 SA est associée à la découverte d’une anomalie pathogène dans 7,8% des cas. Un nombre limité d’ACPA est réalisé à la suite d’un dépistage par ADNlc positif (n=57) ou non exploitable (n=84), permettant le diagnostic d’une anomalie chromosomique dans respectivement 15,8% et 7,1% des cas. 

Enfin, une anomalie du caryotype peut constituer l’indication de l’ACPA ; dans ce cas, plus de la moitié des examens confirment l’anomalie chromosomique.
 

Tableau DPN17. Résultat des ACPA selon l'indication en 2020(1)(2)